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L'ultima parte del percorso espositivo dell'Acquario è concentrato sulla salvaguardia degli ecosistemi marini, sulle devastazioni provocate dall'inquinamento, dalla pesca indiscriminata e dalla colonizzazione delle coste.
Grande spazio è dedicato al Madagascar che, isolato dal continente africano e favorito dalle condizioni climatiche, ha dato origine ad una varietà di specie, la maggior parte delle quali non si trova in nessun'altra parte della Terra. In Madagascar, come in moltissimi altri paesi del mondo, l'uomo brucia le foreste per ricavare spazi coltivabili. Le terre sono rese improduttive dalle piogge devastanti ed il fango, derivato dalla deforestazione e trasportato dai fiumi fino al mare, soffoca i coralli minacciando la sopravvivenza della barriera corallina.
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